Komisję Porządkową województwa krakowskiego powołano w wyniku wybuchu insurekcji kościuszkowskiej 25 marca 1794 r. Jej działalność zakończyła się wraz z wkroczeniem do Krakowa wojsk pruskich w czerwcu tego roku.
W odróżnieniu od jej poprzedniczek z okresu Sejmu Wielkiego – Komisji Cywilno-Wojskowych powiatów krakowskiego i proszowskiego oraz ksiąskiego i lelowskiego, w czasie powstania powołano jedną instytucję administracji terenowej dla całego województwa. Jej członków, wywodzących się ze stanów szlacheckiego, duchownego i mieszczańskiego wybrał naczelnik Tadeusz Kościuszko. Kolejne reorganizacje magistratury wyspecjalizowały pracę komisarzy porządkowych, przyporządkowując ich czynności do odpowiednich wydziałów: Porządku, Bezpieczeństwa Publicznego, Skarbu, Sprawiedliwości, Potrzeb Wojska, Żywności i Instrukcji.
Do zadań krakowskiej Komisji należało m.in. nadzorowanie stanu dróg, poczty, służby kurierskiej, transportu, przekazywanie rozporządzeń władz powstańczych ludności cywilnej, wydawanie paszportów, śledzenie, przesłuchiwanie, aresztowanie i dostarczanie do sądu oskarżonych, nadzorowanie spraw więziennictwa i funkcjonowania sądów kryminalnych, wykonywanie ich wyroków, odbieranie i przechowywanie darów na rzecz powstania od ludności cywilnej, nadzorowanie dóbr zdrajców narodu objętych sekwestrem, kontrolowanie skarbowości, nadzorowanie zagospodarowania gruntów, ewidencjonowanie zapasów żywności, administrowanie magazynów zbożowych oraz pilnowanie dostarczania furażu na potrzeby wojska i cywilów, administrowanie przemysłem spożywczym, wydawanie zapomóg potrzebującym, nadzorowanie handlu krajowego i zewnętrznego.