W celu właściwej redystrybucji środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej państwa członkowskie muszą przestrzegać określonych zasad. Każde państwo członkowskie zobowiązane jest do wyznaczenia dla każdego utworzonego programu operacyjnego instytucji odpowiedzialnych za zarządzanie i certyfikację oraz funkcjonalnie niezależnej instytucji audytowej. Instytucja audytowa powoływana jest na podstawie obowiązujących przepisów. Jej rola, obowiązki i funkcje powinny być wyraźnie określone. Kwestię nadrzędną stanowi niezależność instytucji audytowej, która oznacza, że nie występują warunki ograniczające możliwość pełnienia przez tę instytucję obowiązków w sposób bezstronny. Na wszystkich etapach instytucja audytowa powinna gwarantować wykonywanie swoich zadań w sposób niezależny i obiektywny oraz bez konfliktu interesów. Zarówno umiejscowienie pod względem organizacyjnym, jak i status instytucji audytowej mogą stanowić w praktyce utrudnienie bądź ograniczenie zakresu działania, w szczególności gdy instytucja ta jest częścią tego samego podmiotu publicznego co podmioty objęte audytem. Nikt nie może bowiem ingerować w określanie zakresu działań audytowych, pracę ani w przekazywanie wyników przez instytucję audytową.

In order to properly redistribute funds from the European Union’s budget, its member states are required to follow certain rules. For each established operational programme, each member state is required to designate institutions responsible for management and certification as well as a functionally independent audit authority. The audit authority is appointed on the basis of relevant regulations and its role, duties and functions should be clearly defined. The most important aspect is the independence of the audit authority, which means that there are no conditions restricting the ability of institutions to perform their duties in an impartial manner. At all stages, the audit authority should ensure that its tasks are performed in an independent and objective manner without any possible conflict of interests. The organisational structure and status of the audit authority may cause some limitation of its activity, in particular when it is a part of the same public entity as the audited ones. Importantly, no one can interfere in defining the scope of the audit activities, work or the transmission of results conducted by the audit authority.