Przez blisko 35 lat Archiwum Państwowe w Zamościu było związane organizacyjnie z Archiwum Państwowym w Lublinie. Archiwum w Zamościu utworzono na podstawie rozporządzenia ministra oświaty z dnia 21 VII 1950 r. powołującego 52 oddziały powiatowe wojewódzkich archiwów państwowych. Od 1951 r. oddział przekształcono w Powiatowe Archiwum Państwowe podległe Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Lublinie. Na pierwszą dekadę funkcjonowania archiwum w Zamościu przypadł trudny okres organizacji instytucji pod kierownictwem Hipolita Kozioła. Priorytetem była walka o polepszenie warunków bytowych i lokalowych archiwum oraz przejmowanie dokumentacji archiwalnej z przedpola. Od 1962 r. pod kierownictwem Gertrudy Sowińskiej udało się umieścić siedzibę archiwum w specjalnie do tego celu przeznaczonej kamienicy oraz rozwinąć działalność edukacyjno-popularyzacyjną. Na skutek reformy administracyjnej kraju z 1975 r. PAP w Zamościu przekształcono z dniem 1 II 1976 r. w Wojewódzkie Archiwum Państwowe podległe Naczelnemu Dyrektorowi Archiwów Państwowych. Od tego czasu funkcjonuje jako samodzielna jednostka.

The Archives in Zamość was founded on the basis of the Regulation of the Minister of Education of 21 July 1950, which established 52 district branches of provincial state archives. From 1951 the branch was transformed into the District State Archives subordinated to the Provincial State Archives in Lublin. The first decade of its functioning was a difficult period of organizing the institution under the management of Hipolit Kozioł. The struggle for better premises to house the archives, the personnel’s living conditions and collecting documentation from various institutions was a priority. From 1962, under the directorship of Gertruda Sowińska, the seat of the Archives was moved to a specially designed house and its education-popularizing activity managed to develop. As a result of the administrative reform of 1975 the District State Archives was transformed into the Provincial State Archives (since 1 February 1976) subordinate to the General Director of the State Archives. Since that time it has functioned as an independent unit.