Początek działalności Referatu Archiwum Urzędu Miasta Krakowa wiąże się z reformą samorządu terytorialnego przeprowadzoną w Polsce w 1990 r. Spowodowała ona gruntowną reorganizację działalności urzędów w Polsce, w tym także Urzędu Miasta Krakowa. Początkowo archiwum miało siedzibę w podziemiach budynku magistratu przy placu Wszystkich Świętych 3–4, a od 1999 r. w budynku przy ulicy Dobrego Pasterza 116a. W chwili obecnej Referat Archiwum prowadzi działalność w nowym, na wskroś nowoczesnym obiekcie, do którego pracownicy oraz zasób archiwalny zostali przeniesieni w czerwcu 2019 r. Według stanu na koniec 2019 r. w archiwum zgromadzonych było blisko 20 000 mb akt. Głównym trzonem zasobu archiwum są akta przekazywane z 40 komórek organizacyjnych Urzędu. Do najcenniejszych zbiorów należą: zbiór gromadzkich książek meldunkowych z terenu miasta Krakowa składający się z 25 770 ksiąg, obejmujący okres od 1930 do 1961 r., zbiór Ksiąg Rejestrów Mieszkańców Gmin, zawierających informacje o mieszkańcach gmin z terenu powiatu krakowskiego obejmujących okres od lat 30. do 50. XX w., zbiór tzw. Rejestrów stałych mieszkańców, zbiór Kart Osobowych Mieszkańca, które były prowadzone dla każdego mieszkańca miasta i gromadzone  wg adresów zamieszkania. Niezwykle ciekawym zbiorem, nadal otwartym, jest zbiór tzw. kopert dowodowych, tj. dokumentacji związanej z wydawaniem dowodów osobistych W kopertach dowodowych często zachowały się przedwojenne dowody osobiste lub dowody tożsamości, paszporty lub kenkarty.

The beginnings of the Office of the Krakow Town Council Archive are connected with the local-government reform that took place in Poland in 1990. This led to a major reorganisation in the activities of councils in Poland, including the Krakow Town Council. Initially, the Archive was located in the basement of the Town Hall building at 3–4 Wszystkich Świętych (All Saints) Square, and from 1999 in the building at 116a Dobrego Pasterza Street. Currently, the Office of the Archive operates in a new modern building which the employees and archival resources were moved to in June 2019. At the end of 2019, the Archive had a collection of almost 20,000 metres of records. The main body of the Archive’s resources consists of records deposited by 40 organisational units of the Council. The most important collections include: the collection of registration books from the town of Krakow, consisting of 25,770 books covering the period from 1930 to 1961, the collection of Registers of Borough Residents, containing information about the inhabitants of the boroughs in Krakow County covering the period from the 1930s to the 1950s, the collection of the so-called Registers of Permanent Residents, and the collection of Resident Cards, which were kept for each resident of the town and collected according to the residence  address. A particularly interesting collection, which is still open, is the collection of the so-called evidence envelopes, in other words, documents connected with the issuance of ID cards. The evidence envelopes often contain pre-war ID cards, passports or kennkarten.