Tomasz Grzybowski

Celem niniejszego opracowania jest sformułowanie zaleceń dotyczących ujawniania śladów biologicznych w laboratorium i postępowania z materiałem dowodowym przekazanym do badań identyfikacyjnych, rekomendowanych przez Polskojęzyczną Grupę Międzynarodowego Towarzystwa Genetyki Sądowej (The Polish Speaking Working Group of the International Society for Forensic Genetics). Opracowanie porządkuje wiedzę z zakresu najistotniejszych etapów badań wstępnych śladów biologicznych, w oparciu zarówno o źródła z piśmiennictwa, jak również wynikające z wieloletniej praktyki badawczej. Wypracowane w toku wieloetapowych konsultacji eksperckich rekomendacje zawarte w niniejszym opracowaniu powinny być wykorzystywane w tworzeniu procedur laboratoryjnych używanych w trakcie realizacji zleceń podmiotów prowadzących postępowania związane z analizą śladów biologicznych.

Markery genetyczne do przewidywania pochodzenia biogeograficznego od wielu lat okazują się skutecznymi narzędziami dla organów ścigania. W tym badaniu podjęliśmy próbę oceny potencjału markerów insercyjno-delecyjnych (InDel) i mikrosatelitarnych (STR) jako pomocniczych polimorfizmów do wnioskowania o pochodzeniu populacji słowiańskiej. W tym celu genotypowaliśmy próbki populacji słowiańskojęzycznych z Białorusi, Czech, Polski, Serbii, Ukrainy i Rosji w w zakresie 46 markerów InDel oraz 15 loci STR za pomocą PCR i elektroforezy kapilarnej oraz analizowaliśmy pod kątem różnicowania między populacjami za pomocą metod bazujących na dystansach genetycznych (FST, analiza głównych składowych i skalowanie wielowymiarowe). Dodatkowo zbadaliśmy próbkę mężczyzny z populacji polskiej o dobrze udokumentowanej genealogii, którego pochodzenie biogeograficzne zostało wcześniej ustalone przez komercyjne usługi genomiczne przy użyciu autosomalnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP), mitochondrialnego DNA i markerów Y-SNP. Do celów porównawczych wykorzystaliśmy dane genotypowe zebrane w przeglądarce „forInDel” i częstości alleli z wcześniej opublikowanych artykułów. Uzyskane wyniki dla InDels i STR wskazują, że populacje słowiańskie stanowią grupę genetycznie jednorodną, z wyjątkiem Czechów wyraźnie różniących się od pozostałych badanych populacji. Analiza znanej polskiej próbki w aplikacji Snipper dowodzi przydatności markerów InDel jedynie na poziomie kontynentalnym. Z kolei, mikrosatelity nie tylko poprawiają wyniki predykcji, ale są informatywne jako niezależny zestaw markerów pochodzenia biogeograficznego.

Morfologia ludzkiej twarzy jest połączeniem wielu złożonych cech i determinowana jest przez dużą liczbę genów i wzmacniaczy. W niniejszym badaniu analizowano zmienność liczby kopii (CNV) wzmacniacza hs1431 w populacjach pochodzenia środkowoeuropejskiego i południowo-syberyjskiego. Próbki z Europy Środkowej pochodziły od 97 Polaków, natomiast próbki z południowej Syberii pochodziły od 78 Buriatów i 27 Tuwańczyków. CNV analizowano metodą real-time PCR z wykorzystaniem aparatu ViiA™ 7 (Applied Biosystems). Statystycznie istotne różnice w liczbie kopii wzmacniacza hs1431 występowały między populacjami polską a buriacką (p=0,0378), ale nie między populacjami Europy Środkowej i południowej Syberii (p=0,1225). Uzyskane wyniki sugerują, że wzrost liczby kopii wzmacniacza hs1431 jest związany z pochodzeniem biogeograficznym. Jednak wynik ten wymaga rozszerzenia i powtórzenia na większych kohortach. Jest to pierwsze badanie, w którym wykazano zmienności liczby kopii wzmacniacza hs1431 u ludzi.

Wstęp: Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genomów mitochondrialnych wymaga zazwyczaj wcześniejszej amplifikacji tego materiału genetycznego. Etap PCR może wpływać na jakość uzyskanych danych, szczególnie, gdy stosuje się detekcję heteroplazmii na niskim poziomie.

Cel: Celem niniejszego opracowania było porównanie wiarygodności detekcji homoplazmatycznych i heteroplazmatycznych substytucji w ludzkich genomach mitochondrialnych zamplifikowanych z wykorzystaniem dwóch różnych polimeraz.

Materiał i metody: Pełne genomy mitochondrialne zamplifikowano przy użyciu Long PCR Enzyme Mix z Fermentas lub TaKaRa LA Taq DNA Polymerase z TaKaRa. Biblioteki przygotowano z wykorzystaniem Nextera XT DNA libraries i zsekwencjonowano przy użyciu platformy MiSeq FGx (Illumina). Substytucje w mtDNA identyfikowano dla wariantów mniejszościowych na poziomie powyżej 1%.

Wyniki: Wszystkie substytucje homoplazmatyczne wykryte w produktach PCR zamplifikowanych przy użyciu badanych polimeraz i zsekwencjonowanych na MiSeq FGx były identyfikowane jako homoplazmie za pomocą alternatywnych metod sekwencjonowania. Zaobserwowano, że TaKaRa LA Taq DNA Polymerase jest mniej precyzyjna w detekcji heteroplazmii na niskim poziomie niż enzym Long PCR Enzyme Mix, ponieważ wprowadza więcej fałszywie negatywnych i fałszywie pozytywnych wyników dla wariantów mniejszościowych powyżej poziomu 1%. Niemniej jednak, obie badane polimerazy są tak samo skuteczne w wykrywaniu autentycznych substytucji w mtDNA, dla których warianty mniejszościowe przekraczają poziom 3,61%, zakładając co najmniej 10 000 – krotne pokrycie i sekwencjonowanie bibliotek Nextera XT DNA libraries przy użyciu MiSeq FGx.

Wnioski: Wiarygodność i czułość detekcji heteroplazmii punktowych przy użyciu MiSeq FGx zależy od polimerazy używanej do amplifikacji mtDNA. W związku z tym, zalecane jest zweryfikowanie protokołów laboratoryjnych używanych do detekcji substytucji w mtDNA przed ich zastosowaniem w celach medycznych lub sądowych.

Conclusiveness of the constitutional argumentation as a criterion of the evaluation of creative interpretation

The article presents briefly the discussion about problem of the so-called creative (law-making) interpretation of the Constitution. Author indicates that previous concepts of the creative interpretation offered by the Polish legal doctrine did not deliver any noncontroversial criteria, which could mark difference between declaratory and creative constitutional argumentation. This problem is also connected with the political question about judicial activism and the limits (legitimacy) of the third power, ergo the questions that are currently arising during the ongoing constitutional crisis in Poland. For that reason the alternative solution is proposed, namely to perceive the stable interpretative practice (for instance a line of precedents, or settled case law, etc.) as the cutoff point for the declaratory/creative interpretation. From this point of view every unjustified (revolutionary instead of the evolutionary) change of settled interpretation of the Constitution should be evaluated as invalid. Nevertheless, presented conception is not fully elaborated and have some weak points, i.e. matters which need to be developed to make it applicable in the interpretation practice. Especially there is lack of the analogous (precedential) doctrine in the Polish legal culture, which excludes possibility to precisely indicate the state of stable interpretation practice from one side, and proper correction of the previous case law on the other.