Grzegorz Teresiński

Wstęp: Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genomów mitochondrialnych wymaga zazwyczaj wcześniejszej amplifikacji tego materiału genetycznego. Etap PCR może wpływać na jakość uzyskanych danych, szczególnie, gdy stosuje się detekcję heteroplazmii na niskim poziomie.

Cel: Celem niniejszego opracowania było porównanie wiarygodności detekcji homoplazmatycznych i heteroplazmatycznych substytucji w ludzkich genomach mitochondrialnych zamplifikowanych z wykorzystaniem dwóch różnych polimeraz.

Materiał i metody: Pełne genomy mitochondrialne zamplifikowano przy użyciu Long PCR Enzyme Mix z Fermentas lub TaKaRa LA Taq DNA Polymerase z TaKaRa. Biblioteki przygotowano z wykorzystaniem Nextera XT DNA libraries i zsekwencjonowano przy użyciu platformy MiSeq FGx (Illumina). Substytucje w mtDNA identyfikowano dla wariantów mniejszościowych na poziomie powyżej 1%.

Wyniki: Wszystkie substytucje homoplazmatyczne wykryte w produktach PCR zamplifikowanych przy użyciu badanych polimeraz i zsekwencjonowanych na MiSeq FGx były identyfikowane jako homoplazmie za pomocą alternatywnych metod sekwencjonowania. Zaobserwowano, że TaKaRa LA Taq DNA Polymerase jest mniej precyzyjna w detekcji heteroplazmii na niskim poziomie niż enzym Long PCR Enzyme Mix, ponieważ wprowadza więcej fałszywie negatywnych i fałszywie pozytywnych wyników dla wariantów mniejszościowych powyżej poziomu 1%. Niemniej jednak, obie badane polimerazy są tak samo skuteczne w wykrywaniu autentycznych substytucji w mtDNA, dla których warianty mniejszościowe przekraczają poziom 3,61%, zakładając co najmniej 10 000 – krotne pokrycie i sekwencjonowanie bibliotek Nextera XT DNA libraries przy użyciu MiSeq FGx.

Wnioski: Wiarygodność i czułość detekcji heteroplazmii punktowych przy użyciu MiSeq FGx zależy od polimerazy używanej do amplifikacji mtDNA. W związku z tym, zalecane jest zweryfikowanie protokołów laboratoryjnych używanych do detekcji substytucji w mtDNA przed ich zastosowaniem w celach medycznych lub sądowych.

Nadużywanie i uzależnienie od alkoholu zależy zarówno od czynników środowiskowych, jak i w około 50% czynników genetycznych. Głównymi genami, które są odpowiedzialne za zwiększone ryzyko rozwoju szkodliwego spożywania alkoholu są geny kodujące enzymy rozkładu etanolu w organizmie ludzkim. Alkohol etylowy jest utleniany do aldehydu octowego przez dehydrogenazy alkoholowe występujące w wątrobie (ADH1B, ADH1C i ADH4) oraz żołądku (ADH7). Metabolizm żołądkowy etanolu jest w stanie obniżyć jego ilość trafiającą do krwiobiegu nawet do 10% przyjętej dawki. Zmiany występujące w genie ADH7 wykazują związek z ilością spożywanego alkoholu, a także ryzykiem rozwoju nadużywania i uzależnienia od tej substancji.

Cel pracy: Analiza zmian znacznikowych w genie ADH7 i określenie związku wariantów badanego genu z ryzykiem rozwoju nadużywania i uzależnienia od alkoholu w populacji polskiej.

Materiały i metody: Materiał do badań stanowiła krew pobrana od 159 denatów, którzy nadużywali i/lub byli uzależnieni od alkoholu oraz 201 wymazów policzkowych od osób kontrolnych z populacji polskiej. Wykorzystując metodę Real Time PCR z sondami TaqMan wykonano genotypowanie w zakresie 3 zmian znacznikowych: rs284786, rs1154470 (w obrębie genu ADH7) i rs7690269 (z regionu międzygenowego). Otrzymane genotypy losowo weryfikowano sekwencjonowaniem metodą Sangera.

Wyniki i wnioski: Analiza statystyczna otrzymanych wyników nie potwierdziła związku wybranych wariantów z ryzykiem nadużywania i uzależnienia od alkoholu.

• coroczna ankieta działalności usługowej obejmująca następujące obszary ekspertyz (od 2011-nadal):
  • opiniowanie sądowo-lekarskie;
  • badania sądowo-toksykologiczne;
  • ekspertyzy sądowo-genetyczne;
• ocena zasobów kadry dydaktycznej oraz personelu realizującego działalność ekspercką (2016, 2017, 2019, 2021, 2024);
• weryfikacja dostępności aparatury badawczej (2016, 2021);
• kwerenda nt. dostępności konsultantów z dziedzin klinicznych w sprawach dot. oceny prawidłowości postępowania medycznego (2022);
• monitorowanie zakresu dydaktyki realizowanej w poszczególnych ZMS-ach z uwzględnieniem pensum dydaktycznego w kolejnych cyklach kształcenia (2016, 2019, 2021, 2024);
• a także bieżąca inwigilacja przebiegu staży specjalizacyjnych i realizacji kursów szkoleniowych.

Wyniki. Rezultaty regularnie powtarzanych badań ankietowych umożliwiają identyfikację trendów zachodzących w akademickim modelu uprawiania medycyny sądowej w Polsce, adaptację zasobów do prognozowanego zapotrzebowania na specjalistyczne usługi eksperckie, a także harmonizację działalności edukacyjnej w kontekście aktualizacji standardów kształcenia na kierunkach medycznych.
Wnioski. W katalogu uprawnień konsultanta krajowego nie mieści się podejmowanie działań ukierunkowanych bezpośrednio na rozwiązywanie bieżących problemów dyscypliny. W trakcie poprzednich dwóch kadencji autor doniesienia jednak wielokrotnie zajmował stanowisko w sprawach dotyczących środowiska polskich medyków, genetyków i toksykologów sądowych. Dane uzyskane podczas wymienionych wyżej inicjatyw sondażowych stanowiły kluczowe argumenty w uzasadnianiu przedstawianych dezyderatów.