Muzea rejestrowane, choć działają jako organizacje non profit, m.in. w celu ochrony dziedzictwa kulturowego, nie są podmiotowo zwolnione z podatku od nieruchomości. Obowiązujące zwolnienie oparte jest na szczególnym statusie muzeum rejestrowanego i spełnianiu przesłanki „władania” gruntem lub budynkiem. To rozwiązanie, choć otwiera możliwość popełniania nadużyć prowadzących do unikania opodatkowania, ma uzasadnienie historyczne i jest poparte szeregiem argumentów podnoszonych już w 1996 r. w trakcie procesu legislacyjnego. Niemniej analiza blisko trzech dekad funkcjonowania zwolnienia skłania do postawienia dwóch postulatów de lege ferenda – konieczne wydaje się: (1) doprecyzowanie przepisów w zakresie zwolnienia jedynie części budynku znajdującego się we władaniu muzeum rejestrowanego oraz (2) rozszerzenie zwolnienia na budowle związane z działalnością gospodarczą muzeów rejestrowanych, co wpłynęłoby na spójność i skuteczność poddanej badaniu preferencji podatkowej. Jednocześnie oba dezyderaty wydają się zgodne z dotychczas przejawianą intencją ustawodawcy.
