TY - JOUR
TI - Weryfikacja markerów insercyjno-delecyjnych (InDels) i mikrosatelitarnych (STR) jako narzędzi pomocniczych do wnioskowania o pochodzeniu populacji słowiańskiej
AU - Hołub, Karolina
AU - Malyarchuk, Boris A.
AU - Derenko, Miroslava V.
AU - Kovačević-Grujičić, Nataša
AU - Stevanović, Milena
AU - Drakulić, Danijela
AU - Davidović, Slobodan
AU - Grzybowski, Tomasz
TI - Weryfikacja markerów insercyjno-delecyjnych (InDels) i mikrosatelitarnych (STR) jako narzędzi pomocniczych do wnioskowania o pochodzeniu populacji słowiańskiej
AB - Markery genetyczne do przewidywania pochodzenia biogeograficznego od wielu lat okazują się skutecznymi narzędziami dla organów ścigania. W tym badaniu podjęliśmy próbę oceny potencjału markerów insercyjno-delecyjnych (InDel) i mikrosatelitarnych (STR) jako pomocniczych polimorfizmów do wnioskowania o pochodzeniu populacji słowiańskiej. W tym celu genotypowaliśmy próbki populacji słowiańskojęzycznych z Białorusi, Czech, Polski, Serbii, Ukrainy i Rosji w w zakresie 46 markerów InDel oraz 15 loci STR za pomocą PCR i elektroforezy kapilarnej oraz analizowaliśmy pod kątem różnicowania między populacjami za pomocą metod bazujących na dystansach genetycznych (FST, analiza głównych składowych i skalowanie wielowymiarowe). Dodatkowo zbadaliśmy próbkę mężczyzny z populacji polskiej o dobrze udokumentowanej genealogii, którego pochodzenie biogeograficzne zostało wcześniej ustalone przez komercyjne usługi genomiczne przy użyciu autosomalnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP), mitochondrialnego DNA i markerów Y-SNP. Do celów porównawczych wykorzystaliśmy dane genotypowe zebrane w przeglądarce „forInDel” i częstości alleli z wcześniej opublikowanych artykułów. Uzyskane wyniki dla InDels i STR wskazują, że populacje słowiańskie stanowią grupę genetycznie jednorodną, z wyjątkiem Czechów wyraźnie różniących się od pozostałych badanych populacji. Analiza znanej polskiej próbki w aplikacji Snipper dowodzi przydatności markerów InDel jedynie na poziomie kontynentalnym. Z kolei, mikrosatelity nie tylko poprawiają wyniki predykcji, ale są informatywne jako niezależny zestaw markerów pochodzenia biogeograficznego.
VL - 2022
IS - Vol. 72 (3)
PY - 2023
SN - 0324-8267
C1 - 1689-1716
SP - 120
EP - 137
DO - 10.4467/16891716AMSIK.22.015.17393
UR - https://ejournals.eu/czasopismo/amsik/artykul/verification-of-insertion-deletion-markers-indels-and-microsatellites-strs-as-subsidiary-tools-for-inferring-slavic-population-ancestry
KW - polimorfizm insercyjno-delecyjny
KW - mikrosatelity
KW - Słowianie